化石复活！古代怪鸟始祖大鸟！小智一行人，在某个城镇与红豆杉博士及真菰博士重逢。2位博士正打算以「羽之化石」让「最古鸟神奇宝贝」始祖小鸟复活。将化石放入巨大机械中按下开关、靠梦梦蚀的能量将出力提高後，伴随著机械中传来的吵杂叫声，一只始祖小鸟出现了！只是，才刚醒过来、处於兴奋状态的始祖小鸟向各处胡乱使出「龙吸」！成功安抚始祖小鸟的是小智一行人。感情融洽的小智与始祖小鸟展开了飞上天的特训，火箭队却在这时出现……
