光之飞碟！大宇怪之城!!小智一行人在大岛的神奇宝贝中心留宿，醒来后，小智发现皮卡丘、天桐、艾莉丝和艾莉丝的都变成“脑神奇宝贝”大宇怪的样貌。小智大吓一跳，去找乔伊小姐和乔伊的求救，但连她们都变了大宇怪，连君莎小姐和其他居民都无一幸免！小智为了避开其他人的视线躲进小巷，并遇到躲在地下水道，正在寻找喵喵的武藏和小次郎。小智迫不得已和火箭队合作，究竟大宇怪有甚么可怕的阴谋?!
