小智和巴大蝴！总有一天再见面!!到迁徙岛的小智一行人，遇见一群铁甲蛹一起进化成巴大蝴，十分感动。这个岛是首席天鹅等等会迁徙的神奇宝贝，必定会途经的中途站。小智遇上一只赶不上进化的绿毛虫，回想起昔日跟自己一起旅行的绿毛虫，于是决定协助它尽快进化。虽然他们立即开始特训，但绿毛虫总是在途中睡着，令小智他们非常着急。特训途中，他们不小心闯进了圈圈熊的地盘，被圈圈熊追赶时，绿毛虫挺身而出保护小智！究竟结果会怎样呢？
