向基拉祈许愿吧！七日的奇迹!!小智一行人继续在大岛旅行，在某个夜晚，遇见一千年只会苏醒七天的“许愿神奇宝贝”基拉祈。在皮卡丘和牙牙跟基拉祈玩耍的时候，小智出现并吓走了害怕人类的基拉祈。少女何莉听到小智他们遇到基拉祈，追问基拉祈的下落。何莉希望基拉祈令这座山回复以往山明水秀的环境。小智他们和何莉搜索了七天，基拉祈终于出现，不过火箭队从中破坏，并捉走基拉祈。究竟何莉的愿望最后能否实现？！
