N再度登场！救出勇士鹰作战企图征服世界的电浆团，在暗中继续实行计划。电浆团团员正在运送“勇猛神奇宝贝”勇士鹰，用作实验的有机素体，N为了拯救身体虚弱的勇士鹰，潜入了电浆团的货车内，可惜他被团员发现，受到猫鼬斩和饭匙蛇的猛烈攻击，掉了下山崖。小智发现了受伤的N和勇士鹰，并带他们到神奇宝贝中心治疗。不过电浆团团员凭著勇士鹰身上的发信器，找到了它所在的地点，然后截断神奇宝贝中心的电源进行偷袭。此时N向小智作出一个请求……
