小椿与艾莉丝！颜色不同的赤面龙小小智一行为了与生活在洞穴的神奇宝贝见面，在洞窟岛下船，并在那里偶然重遇小椿。小椿来洞窟岛是为了收服“颜色不同的赤面龙”，但在遇中与快龙走失了，于是小智他们帮忙寻找快龙。虽然成功找回小椿的快龙，但她却与艾莉丝的快龙争吵起来。最后，他们为了寻找颜色不同的赤面龙，向森林深处的洞穴进发，可是…
