主人公的琉花是一个脾气略微急躁的普通少女，父母亲都在水族馆中工作，小的时候曾经在水族馆内见到过发光的鱼群，对其记忆尤深。
因为琉花脾气的关系，她在中学第二个暑假被参加的运动社团给开除了，百无聊赖的她在去父亲 工作的水族馆中遇见了两名神秘的异国少年，“海”和“空”——据说是被儒艮所养大，可以长时间在 海中生存，且不能过久离开水源的孩子，并且开始了她之后所说的“最漫长的暑假”......
故事以一名名为琉花的少女在暑假时和两名神秘少年相遇为起点，见证了生命以大海为起点和终点，诞生死去，循环往复，并从中理解了生命的意义，获得内心的成长。
