《代号·反抗》故事发生在3019年，人类对物质的贪婪追求导致生态系统崩塌，曾71%被水覆盖的蓝色星球如今变成失落文明的破败荒漠。水，成了地球上唯一的奢侈品，人类被自己创造出来的智能人抓捕掠杀。然而智能人并不是世界上唯一的强者，另一种人类物种——变异人也在争夺水源的控制权，人类在智能人和变异人的打压下，展开了一场营救全人类的行动。
