北京大学口腔医学院是国家重点口腔医学院校，实行口腔医学院、口腔医院、口腔医学研究所三位一体的管理体制。其宗旨是培养高等口腔医学人才，普及和提高口腔疾病的预防和治疗水平，承担国家级及教育部、卫生部有关科研项目。北京大学口腔医院有八项口腔类别“国家临床重点专科”建设项目：牙周病科、牙体牙髓病科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔正畸科、口腔种植科、儿童口腔科、口腔黏膜病科。北京大学口腔医院有在职职工2100余人，其中有博士生导师48人，硕士生导师50人。
北京大学口腔医院(北京)目前已在西城区、海淀区有网点。